Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta. Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienza a atacar a unos misteriosos seres, los "Ángeles". A Shinji le intriga el extraño comportamiento de Rei Ayanami, la impasible "First Children", ya que parece que Gendo es la única persona por la que Rei muestra interés. Cuando el Quinto Ángel ataca, ambos pilotos deben volver a manejar los Evas, les interese o no...
