Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta. Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienza a atacar a unos misteriosos seres, los "Ángeles". Cuando ataca el Sexto Ángel, la Unidad Segunda entra en acción y lo derrota rápidamente. La piloto, Asuka, es una chica bella y enérgica pero de mal carácter; y no tarde en pelearse con Shinji. ¿Podrán sincronizar sus corazones para derrotar al Séptimo Ángel?
