Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta. Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienza a atacar a unos misteriosos seres, los "Ángeles". Asuka se muda con Shinji, pese a despreciarlo por no ser tan alto, lindo y caballero como Kaji, el ex de Misato. La silenciosa Rei se acerca cada vez más a Shinji pero en realidad se siente más atraída por alguien que quizás no sea apropiado...
