Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta. Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienza a atacar a unos misteriosos seres, los "Ángeles". Kaji revela ser un doble agente y le cuenta a Shinji los secretos de Gendo y sus misteriosos jefes han ocultado por años, lo que le hace comprender el sacrificio de su madre para crear los Evas. El próximo sacrificio para continuar con el plan podría involucrar al mejor amigo de Shinji...
