Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta. Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienza a atacar a unos misteriosos seres, los "Ángeles". Shinji queda devastado tras la pérdida de su amigo. Replantea su continuidad en Nerv y rechaza volver a subirse a la unidad primera. Una charla con Kaji lo hará recapacitar, ya su vez revelará los verdaderos objetivos tanto de Nerv como de Seele...
