Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta. Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienza a atacar a unos misteriosos seres, los "Ángeles". El Tercer Impacto llegó. La gigantesca forma de Ayanami se eleva sobre la Tierra, el plan de consumación de la humanidad entra en sus fases finales. Mientras el mundo tiembla de terror al ser devorado por un mar de LCL, la conciencia de Shinji se fusiona con la de Lilith, mientras él busca en sus memorias una comprensión final sobre sí mismo y sobre el destino de la humanidad.
